Hinahangaan ng lahat ang binatang si Crisostomo Ibarra na isang Pilipino na pinag-aral ng kanyang ama sa Espanya. Bukod sa matalino at makisig, matulungin din si Ibarra.
Naging malapit siya kay Kapitan Tiyago na naging dahilan upang makilala niya ang anak nitong si Maria Clara na kalaunan ay naging kasintahan niya.
Nagpapatayo si Ibarra ng pamantasan sa kanilang bayan na talaga namang inaabangan ng mga mamamayan. Gayunman, naiba ang imahe ni Ibarra nang makabangga ang paring si Padre Damaso. Minsan pa siyang itinuring na ekskomunikado ng simbahan.
Nang muli siyang mapatawad ng mga nasa kapangyarihan, nasangkot naman ang pangalan niya sa isang pag-aaklas na nagdulot ng matinding takot sa kanilang bayan.
Nahadlangan na rin ang kanilang pagmamahalan ng kasintahang si Maria. Nakatakda nang ikasal ngayon ang dalaga sa binatang Kastila na si Linares. Hindi ito gusto ni Maria at si Ibarra pa rin ang kanyang nais.
Ngunit nakapiit na si Ibarra. Nakatakas lamang ito sa tulong ni Elias, isang tapat na kapanalig kahit nagkaroon sila ng hidwaan ni Ibarra dahil ang angkan ni Ibarra ang pumatay sa nuno ni Elias.
Nagtangkang tumakas sina Elias at Ibarra sa pamamagitan ng bangka. Ngunit nasundan sila ng mga sibil. Nabaril nila si Ibarra at inakalang nalunod na sa Ilog Pasig.
